Wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d), Fakultät für Angewandte Informatik

Stellenangebote

wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d), Fakultät für Angewandte Informatik

An der Universität Augsburg ist    für die  Augsburg Bioinformatics Core Facility (ABC) mit Schwerpunkt Einzelzell-Datenanalyse und wissenschaftliche Unterstützung biomedizinischer Forschungsprojekte zum nächstmöglichen Zeitpunkt die Stelle als

wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d) auf Postdoc-Niveau

im Umfang der regelmäßigen Arbeitszeit im Beamtenverhältnis auf Zeit für die Dauer von drei Jahren zu besetzen. Die Stelle ist teilzeitfähig. Eine Verstetigung im Rahmen eines Beamtenverhältnisses auf Probe/Lebenszeit in der Funktion einer wissenschaftlichen Mitarbeiterin / eines wissenschaftlichen Mitarbeiters wird im Anschluss angestrebt.

Die erfolgreiche Bewerberin bzw. der erfolgreiche Bewerber wird als wissenschaftliche Mitwirkende bzw. wissenschaftlicher Mitwirkender eng mit der Leitung des ABC sowie weiteren international ausgewiesenen Wissenschaftlerinnen, Fakultätsmitgliedern, klinischen Forschenden und Bioinformatikerinnen zusammenarbeiten. Ein besonderer Fokus liegt auf der Integration von Einzelzell- und Multi-Omics-Daten in translationalen Forschungsprojekten.

Die Stelle ist organisatorisch dem Lehrstuhl für Modeling and Simulation of Biological Processes an der Universität Augsburg zugeordnet. Dort werden quantitative Systemmodelle mit modernen KI- und Machine-Learning-Methoden kombiniert, um neue therapeutische Strategien für Krebs und andere Erkrankungen zu identifizieren. Hierbei kommen unter anderem Einzelzell-Sequenzierung und Deep Learning zum Einsatz, um komplexe Krankheitsmechanismen zu entschlüsseln und die Patientenversorgung zu verbessern.

Rolle innerhalb der Core Facility

Die Position verbindet wissenschaftliche Serviceleistungen mit Methodenentwicklung und kooperativer Forschung. Die erfolgreiche Person unterstützt und berät mehrere Projekte im Rahmen der Core Facility und erhält gleichzeitig eigene Zeitanteile für die Weiterentwicklung innovativer Methoden im Bereich Einzelzell- und Multi-Omics-Analysen. Eine aktive intellektuelle Beteiligung an Studiendesign, Dateninterpretation und Publikationen wird erwartet und ausdrücklich begrüßt.

Ihre Aufgaben

• wissenschaftliche und organisatorische Mitwirkung in der ABC Core Facility mit Schwerpunkt auf der Analyse von Einzelzell-Sequenzierungsdaten (z. B. scRNA-seq, scATAC-seq, multimodale Einzelzell-Daten) sowie Bulk-NGS-Daten aus Normal- und Tumorgewebe.
• proaktive Beratung und Unterstützung von Forschungsprojekten an der Universität Augsburg und Partnerinstitutionen (UKA), insbesondere hinsichtlich Studiendesign, Analysekonzepten und Interpretation von Sequenzierungsdaten.
• Entwicklung, Anpassung und Anwendung bioinformatischer Workflows für Einzelzell-, Bulk-Transkriptom- und verwandte Omics-Analysen.
• Beitrag zur Integration von Einzelzell-Daten mit Bulk-Omics-, klinischen und phänotypischen Daten.
• Sicherstellung von Dokumentation, Reproduzierbarkeit und Qualitätssicherung der eingesetzten Analysepipelines.
• Mitwirkung in der Lehre und Durchführung von Schulungen bzw. Workshops im Rahmen der institutionellen Anforderungen.
• Unterstützung wissenschaftlicher Publikationen durch hochwertige Datenanalyse und Visualisierung.

Ihr Profil

• Abgeschlossenes Promotionsstudium (PhD) in Bioinformatik, Computational Biology, Systembiologie, Data Science oder einem verwandten Fachgebiet.
• Nachgewiesene Expertise in der Analyse von Einzelzell-Sequenzierungsdaten.
• Fundierte Programmierkenntnisse, vorzugsweise in Python und/oder R, sowie Erfahrung mit etablierten bioinformatischen Tools und Frameworks.
• Erfahrung mit Workflow-Management-Systemen (z. B. Snakemake, Nextflow) und kontrollierten Softwareumgebungen (z. B. Docker, Singularity, Conda).
• Starkes Interesse an interdisziplinärer Zusammenarbeit, insbesondere an der Schnittstelle zwischen Medizin, Biologie und Informatik.
• Erfahrung im Umgang mit HPC-Umgebungen und großen Datensätzen.
• Selbstständige, zuverlässige und serviceorientierte Arbeitsweise in einer Core-Facility-Struktur.
• Sehr gute Englischkenntnisse; Grundkenntnisse der deutschen Sprache werden vorausgesetzt.

Wir bieten

• Möglichkeiten zu eigenständigem Arbeiten und Übernahme von Verantwortung.
• Eine wissenschaftlich anspruchsvolle Postdoc-Position in einer etablierten und kooperativen Bioinformatik-Core-Facility.
• Aktive Mitgestaltung und intellektuelle Beteiligung an hochrelevanten Einzelzell- und Multi-Omics-Forschungsprojekten mit klinischer und translationaler Bedeutung.
• Zugang zu modernen Einzelzell-Technologien, leistungsfähiger HPC-Infrastruktur und aktuellen bioinformatischen Workflows.
• Enge Zusammenarbeit mit interdisziplinären Teams aus Biologie, Medizin und Informatik.
• Möglichkeiten zur fachlichen Weiterentwicklung, u. a. durch Fortbildungen, Konferenzteilnahmen und Methodenentwicklung.
• Flexible und familienfreundliche Arbeitsbedingungen in einem internationalen Forschungsumfeld.
• Einstellung und Besoldung nach Besoldungsgruppe A 13 gemäß den geltenden beamtenrechtlichen Regelungen; zunächst auf drei Jahre befristet, mit Option auf Entfristung.
• Ein sicheres, inklusives und anregendes Arbeitsumfeld an einer Öffentlichen Forschungseinrichtung.

Interesse geweckt?

Bitte senden Sie Ihre vollständigen Bewerbungsunterlagen (Anschreiben, Lebenslauf, relevante Zeugnisse) als eine zusammengefasste PDF-Datei bis zum

30. April 2026

an:

Prof. Dr. Andreas Raue
office.sysmedinformatik.uni-augsburg.de

Weitere Informationen zur Augsburg Bioinformatics Core Facility finden Sie unter: ?url=www.uni-augsburg.de%2Fde%2Ffakultaet%2Ffai%2Finformatik%2Fpr.%26h&module=jobs&id=213552" target="_blank" rel="nofollow">?url=www.uni-augsburg.de%2Fde%2Ffakultaet%2Ffai%2Finformatik%2Fpr.%26h&module=jobs&id=213552" target="_blank" rel="nofollow">www.uni-augsburg.de/de/­fakultaet/fai/­informatik/pr.&h p o i n t;.

Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber (m/w/d) werden bei ansonsten im Wesentlichen gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung bevorzugt eingestellt.

Die Universität Augsburg fördert die berufliche Gleichstellung von Frauen. Frauen werden ausdrücklich aufgefordert, sich zu bewerben.

Die Universität Augsburg setzt sich besonders für die Vereinbarkeit von Familie und Erwerbsleben ein.